El Mundo Champiñón es atacado por el Rey de los Koopas. Esta vez, Bowser ha enviado a sus siete secuaces, conocidos como Koopalings y a Bowser Jr. a secuestrar a la Princesa Peach.
Juega los 140 niveles de Super Mario Bros 3 [SNES] y ademas los 38 niveles del mundo e de Super Mario Bros 3 [GBA] + 12 niveles Beta SMB3[SNES]. Todo esto con los gráficos de NEW Super Mario Bros Wii, con todas las Monedas Estrella y con cada Toad escondido.